[Brèves] Dérogation à l’interdiction de destruction des espèces protégées : précisions relatives au rôle subséquent du préfet quant à l’imposition d’éventuelles prescriptions complémentaires

► L’annulation d’une dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées n’empêche pas le préfet, quand bien même le site ne comporterait plus d'espèces protégées, dans l'attente que l'autorisation environnementale soit, le cas échéant, complétée, d’édicter des mesures conservatoires, afin de tenir compte notamment des atteintes portées aux espèces protégées sur le fondement de la dérogation illégale, et en suspendant le fonctionnement de l'installation en cause.

Faits. La SAS Maillard a demandé au juge des référés du tribunal administratif de Besançon d'ordonner, sur le fondement de l'article L. 521-1 du Code de justice administrative (N° Lexbase : L3057ALS), la suspension de l'exécution de l'arrêté du 4 octobre 2019 par lequel le préfet du Doubs a prononcé à son encontre, d'une part, une mise en demeure de régulariser sa situation administrative et, d'autre part, la suspension immédiate du fonctionnement de la carrière qu'elle exploite.

Par une ordonnance n° 1901737 du 31 octobre 2019, le juge des référés du tribunal administratif de Besançon a suspendu l'exécution de cet arrêté en tant qu'il porte sur la partie sud du site de la Craie correspondant à la « phase 1 » du projet d'exploitation de la carrière.

Position de la SAS. À la suite de l'annulation, par le jugement du tribunal administratif du 4 juillet 2019, de la dérogation au régime de protection des espèces dont elle bénéficiait pour l'exploitation de la carrière en litige, au motif que le projet ne répondait pas à une raison impérative d’intérêt public majeur au sens de l’article L. 411-2 du Code de l’environnement (N° Lexbase : L3057ALS) (sur cette notion, voir CE 5° et 6° ch.-r., 3 juin 2020, n° 425395, 425399, 425425, mentionné aux tables du recueil Lebon N° Lexbase : A70183MU), la société a fait valoir que l'exploitation de la partie sud du site, sur 4,5 hectares, destinés à la première phase d'exploitation, ne nécessitait pas une nouvelle dérogation dès lors que cette zone ne comportait plus d'espèces protégées puisqu'elle avait été défrichée et décapée jusqu'au toit du gisement sur le fondement d'une autorisation de défrichement devenue définitive et de la dérogation alors en vigueur.

Conclusions. Pour le rapporteur public Olivier Fuchs, « certes, le terrain a été entièrement décapé et il est pour partie exploité. Cela exclut sans doute d’y trouver encore des  habitats d’espèces protégées. Mais cela ne signifie pas que ce terrain ne soit pas un espace de  passage de ces espèces ni, surtout, que l’exploitation de la carrière ne produise pas des  nuisances (nuisances sonores d’exploitation, poussières, nuisances liées au passage des engins, etc.) ayant une incidence sur les espèces protégées dont il est acquis dans le dossier qu’elles  sont encore présentes sur le reste du site et alentour ». Toujours selon lui, adopter cette position serait en outre contraire à la jurisprudence récente de la CJUE (CJUE, 4 mars 2021, aff. C-473/19 et C-474/19, Föreningen Skydda Skogen N° Lexbase : A66344IK).

Décision - application du principe. Les moyens tirés de ce que le préfet du Doubs aurait entaché l'arrêté litigieux, par lequel il s'est borné à mettre en demeure la société Maillard de régulariser la situation de l'exploitation compte tenu de l'intervention de la décision juridictionnelle annulant la dérogation au régime des espèces protégées et à suspendre, dans l'attente du dépôt d'une demande de régularisation, l'exploitation de la carrière, d'erreur de droit et d'erreur d'appréciation ne paraissent pas, en l'état de l'instruction, de nature à créer un doute sérieux sur sa légalité.

La demande de suspension de l’arrêté doit être rejetée.

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