La constatation des indus sur l'indemnité représentative de logement est faite par les services de l'Etat dans les conditions prévues par un arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation, de l'intérieur, du budget et de l'outre-mer.
Le trop-perçu est imputé sur l'indemnité représentative de logement restant à verser. Lorsque son montant est supérieur à celui de l'indemnité, l'apurement se poursuit le ou les mois suivants. Lorsque le trop-perçu ne peut être récupéré selon ces modalités, les actes de poursuite relatifs à son recouvrement s'effectuent sans l'autorisation de l'ordonnateur. Le recouvrement est assuré par le comptable public.