Le code de procédure pénale fixe les règles relatives à la compétence, à l'organisation et au fonctionnement de la juridiction d'instruction, et notamment :
1° En matière militaire en temps de paix ;
2° En matière économique et financière ;
3° En matière sanitaire ;
4° En matière de terrorisme ;
5° En matière de délinquance et de criminalité organisée ;
6° En matière de pollution des eaux maritimes par rejets des navires.