Le directeur général de l'agence est nommé sur proposition du président du conseil d'administration, par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle. Il représente l'établissement dans tous les actes de la vie civile.
Il prépare les réunions du conseil d'administration, met en oeuvre ses décisions et lui rend compte de leur exécution.
Il exerce la direction des services de l'agence et a, à ce titre, autorité sur le personnel.
Dans le cadre des règles définies par le conseil d'administration, il a notamment qualité pour :
1° Liquider et ordonnancer les recettes et les dépenses ;
2° Déterminer l'emploi des fonds disponibles et le placement des réserves et procéder aux acquisitions, aliénations et transferts de valeurs ;
3° Décider des prises et cessions à bail de biens immobiliers lorsque la durée du bail n'est pas supérieure à trois ans ;
4° Passer au nom de l'établissement tous actes et contrats et tous marchés de travaux, de fournitures ou de services ;
5° Prendre toutes mesures conservatoires et exercer toutes les actions en justice ;
6° Engager, gérer et licencier les agents de l'établissement.