Si le désaccord persiste après la nouvelle délibération mentionnée à l'article R. 331-44, le commissaire du Gouvernement transmet le dossier dans les quarante-huit heures au ministre chargé de la protection de la nature, qui statue dans un délai d'un mois, le cas échéant après avis du ministre du budget.
Si le ministre du budget n'a pas fait connaître son avis huit jours avant l'expiration du délai imparti au ministre pour se prononcer, cet avis est réputé favorable à la levée de l'opposition.
Le silence gardé par le ministre chargé de la protection de la nature à l'expiration du délai qui lui est laissé pour se prononcer vaut levée de l'opposition.