Le conseil scientifique est composé de quinze membres au plus, nommés pour cinq ans par arrêté conjoint des ministres chargés de la recherche, de l'environnement et de l'énergie.
Son président est nommé en son sein par arrêté conjoint de ces ministres.
Le président du conseil d'administration peut assister aux séances du conseil scientifique.
Le conseil scientifique est consulté sur les programmes d'études et de recherches entrepris par l'agence ou dans lesquels celle-ci intervient. Il formule toutes propositions concernant le développement de la recherche.
Ses avis sont communiqués au conseil d'administration et aux ministres chargés de l'énergie, de l'environnement et de la recherche.
Chaque année, un rapport, préparé par le directeur scientifique, sur l'état des connaissances scientifiques et techniques lui est soumis en même temps que le rapport d'activité prévu au 4° du I de l'article R. 131-9.