Le ministre chargé de la chasse contrôle l'exécution des missions de service public auxquelles est associée la Fédération nationale des chasseurs. Il est destinataire des délibérations de l'assemblée générale, du rapport annuel du commissaire aux comptes et des comptes annuels.
Le budget de la fédération est exécutoire de plein droit dès qu'il a été transmis au ministre chargé de la chasse. Si celui-ci constate, après avoir recueilli les observations du président de la fédération nationale, que le budget approuvé ne permet pas d'assurer le fonctionnement du fonds de péréquation, il procède à l'inscription d'office à ce budget des recettes et des dépenses nécessaires.