Le conseil de discipline de l'aéronautique civile comprend deux sections : Essais et réceptions, Transport et travail aériens. Chacune d'elles est habilitée à proposer des sanctions au nom du conseil. Le conseil peut également siéger en séance plénière.
Chaque section comprend des représentants de l'administration, des exploitants et du personnel navigant professionnel. La composition et le fonctionnement du conseil sont fixés par décret en Conseil d'Etat pris sur le rapport du ministre chargé de l'aviation civile et du ministre des armées.