Le président choisit un rapporteur soit parmi les membres titulaires ou suppléants du conseil, soit sur une liste de personnalités établie par le ministre des armées pour la section des essais et réceptions et par le ministre chargé de l'aviation civile pour la section du transport et du travail aériens.
Le rapporteur entend toute personne et recueille toutes les informations utiles à l'instruction de l'affaire. A l'issue de l'instruction, le rapporteur transmet au président de la section compétente son rapport qui est versé au dossier de la personne traduite devant le conseil.
La section compétente du conseil entend les personnes dont l'audition est jugée utile, le rapporteur en son rapport, l'intéressé en sa défense. Ce dernier peut se faire assister ou représenter soit par un avocat inscrit au barreau, soit par un membre du personnel navigant professionnel de l'aéronautique civile.
Au cas où l'intéressé néglige de comparaître ou de se faire représenter, le conseil ou la section compétente peut passer outre et délibère valablement.