La commission délibère à la majorité des membres présents, la voix du président étant prépondérante en cas de partage égal des voix.
Les délibérations de la commission ont lieu hors la présence de la ou des personnes concernées et de leur représentant ou défenseur.
Les délibérations sont secrètes.
Chaque délibération donne lieu à la rédaction d'un avis. Les avis sont transmis par le président de la commission au ministre chargé de l'aviation civile.