Les centres d'expertise de médecine aéronautique et les médecins examinateurs délivrent, pour le personnel navigant, après examen, les certificats médicaux exigés pour exercer les fonctions correspondant aux titres aéronautiques.
A cet effet, pour les licences relevant de la compétence du ministre chargé de l'aviation civile, ils doivent être agréés par le ministre chargé de l'aviation civile dans des conditions fixées par décret. Celles-ci portent notamment sur les moyens matériels spécifiques mis en oeuvre et sur la formation en médecine aéronautique du personnel médical.
Le conseil médical de l'aéronautique civile, s'il est saisi d'un recours par le ministre chargé de l'aviation civile, l'intéressé ou l'employeur, à la suite des décisions prises par les centres de médecine aéronautique et les médecins examinateurs, décide de l'aptitude du personnel navigant.