En application de l'article L. 1111-7 du code général des collectivités territoriales, le préfet de région assure le respect par la région des sujétions imposées par la défense nationale, notamment en matière d'aménagement du territoire, d'urbanisme, de construction, d'équipements productifs, d'investissements collectifs et de fonctionnement des services collectifs.
Le préfet de région, qui dispose en tant que de besoin de services de la région, reçoit, sur sa demande, du président du conseil régional toutes informations qu'il estime nécessaires à l'exercice de ses attributions de défense. Il est seul habilité à conclure au nom de l'Etat les conventions nécessaires à la mise en oeuvre des obligations non militaires de défense imposées à la région, à l'un de ses établissements publics ou aux groupements de régions.