L'institution est dirigée par un directeur général nommé par arrêté du ministre de la défense.
Elle est administrée par un conseil de gestion dont le président est nommé par décret et comprenant des représentants des usagers militaires et civils, de l'administration, du personnel de l'institution et des membres nommés en raison de leur compétence dans les domaines administratif, financier, social, médico-social ou culturel.