Indépendamment de l'organisation territoriale prévue à l'article L. 1311-1, les grands commandements responsables de l'emploi opérationnel des forces sont des commandements en chef, des commandements supérieurs ou des commandements spécialisés.
Les commandants en chef, à partir de leur prise de commandement, ont complète autorité sur leurs forces et moyens militaires. Ils sont investis par le Gouvernement dans la zone géographique intéressée des pouvoirs relatifs à la défense civile dans les conditions prévues aux articles L. 1142-2 et L. 1321-2, à la sécurité des troupes et à l'utilisation des services, personnes et biens nécessaires à la conduite des opérations et à l'entretien de leurs forces.
Les commandements supérieurs sont permanents et interarmées. Les commandants supérieurs disposent des éléments d'infrastructure nécessaires à leurs forces, peuvent recevoir, en matière de défense civile, de sécurité des troupes, de réquisition des services, personnes et biens, les délégations gouvernementales nécessitées par leurs missions opérationnelles.
Les commandements spécialisés répondent à des conditions particulières de mise en condition et d'emploi.