L'Agence nationale de contrôle du logement social est placée sous la tutelle des ministres chargés du logement et de l'économie.
Elle est administrée par un conseil d'administration composé de deux collèges dont la composition est la suivante :
1° Quatre représentants de l'Etat :
a) Deux représentants du ministre chargé du logement nommés par ce dernier ;
b) Un représentant du ministre chargé de l'économie nommé par ce dernier ;
c) Un représentant du ministre chargé du budget nommé par ce dernier ;
2° Deux personnalités désignées par le ministre chargé du logement, dont une après avis du ministre chargé de l'économie, et une personnalité désignée par le ministre chargé de l'économie, en raison de leurs compétences en matière de logement, d'audit ou d'évaluation des politiques publiques.
Dans chacun des deux collèges siège au moins une personne de chaque sexe. La durée du mandat des administrateurs est de trois ans. Les membres démissionnaires, décédés ou qui perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été nommés sont remplacés. Leurs remplaçants sont désignés pour la durée du mandat restant à courir.
Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, les frais de déplacement et de séjour des membres mentionnés au 2° peuvent être remboursés dans les conditions prévues par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.