Peuvent être agréés en tant que conservatoires botaniques nationaux les établissements qui exercent sur un territoire déterminé les missions suivantes :
1. La connaissance de l'état et de l'évolution, appréciés selon des méthodes scientifiques, de la flore sauvage et des habitats naturels et semi-naturels. Cette mission comporte la mise à la disposition de l'Etat, de ses établissements publics, des collectivités territoriales et de leurs groupements des informations nécessaires à la mise en oeuvre des politiques nationales et régionales de protection de la nature.
2. L'identification et la conservation des éléments rares et menacés de la flore sauvage et des habitats naturels et semi-naturels.
3. La fourniture à l'Etat, à ses établissements publics, aux collectivités territoriales et à leurs groupements, dans leurs domaines respectifs de compétences, d'un concours technique et scientifique pouvant prendre la forme de missions d'expertise en matière de flore sauvage et d'habitats naturels et semi-naturels.
4. L'information et l'éducation du public à la connaissance et à la préservation de la diversité végétale.